La anatomía puede ser clasificada en diversas metodologías de representación: anatomía descriptiva, que es el estudio de la estructura física a partir de su organización por sistemas. También se le conoce como anatomía sistémica.
Anatomía regional, que es la anatomía de ciertas partes, regiones o divisiones del cuerpo relacionadas espacialmente. Se denomina también anatomía topográfica.
Anatomía aplicada, la cual es la aplicación práctica del conocimiento anatómico al diagnóstico y al tratamiento, destacando la estructura, función y relación con las ciencias de la salud. También se le conoce como anatomía clínica. Anatomía comparada, que es el estudio comparativo de la estructura animal con respecto a los órganos o partes homólogas del cuerpo humano. Anatomía del desarrollo, que es la anatomía de los cambios estructurales de un individuo desde la fertilización hasta la vida adulta; incluye la embriología, la fetología y el desarrollo posnatal.
Anatomía funcional, que es la anatomía estudiada en relación con la función. Se denomina también anatomía fisiológica. Anatomía macroscópica, que es la anatomía general, hasta donde esta puede ser estudiada sin recurrir al uso de un microscopio. Por otro lado, la anatomía microscópica, que es la rama de la anatomía que estudia, con el microscopio, la estructura de las células, los tejidos y los órganos. Anatomía de superficie, que es el estudio de la configuración de la superficie del organismo, sobre todo en su relación con las partes más profundas y la proyección de los órganos. Anatomía quirúrgica, que es la anatomía aplicada con referencia al diagnóstico y tratamiento quirúrgico. Anatomía patológica, la cual hace referencia al estudio morfológico de las enfermedades. Anatomía radiológica, que es el estudio del cuerpo por medio de imágenes de diagnóstico.
La anatomía macroscópica puede ser descrita órgano por órgano, anatomía descriptiva, o región por región, anatomía topográfica.
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